Несмотря на напор кочевых орд,  русское владычество в XVII  веке упрочилось в Западной Сибири.  Это были калмыки, которых в 20-х и 30-х годах XVII века вытеснили из Монгольских степей, и они переместились на север и северо-запад, и заняли земли по верхнему течению Ишима, Иртыша, Тобола и даже перешли в Астраханские степи на западную сторону. Для русского государства, владевшего огнестрельным оружием,  калмыки не стали опасными  неприятелями. Но, России все-таки нужно было обеспечивать свои юго-восточные границы, и им пришлось подчинить себе орды, поселившиеся там.

Калмыки, как чисто монгольское племя, встретили врагов в племенах татарских, потеснивших их в киргизах и ногаях. У калмыков и ногаев были разные религии, поскольку калмыки были ламаитами, а ногаи – мусульманами.  За ногаями стоял Крым, с которым калмыки вели борьбу. Россия ловко воспользовалась этими отношениями, и в калмыках приобрела союзников против ногайцев. Для русских немало пользы принесли калмыки, когда заняли Астраханские степи, и отрезали кубанских и крымских татар от их более северных единоплеменников, и таким образом,  они нарушили мусульманское единение, поддерживаемое  верховенством Крыма.

Часть ногайской орды осталась в степях, занятых калмыками, и ее мурзы в зависимости от калмыцких тайшей признали себя. Зачастую нарушалась присяга калмыков, они нападали на русские поселения, бунтовали, грабили торговые караваны, но потом утихомиривались и снова давали аманатов. Калмыки, которые поселились  к западу от Яика, признали себя  подданными русского царя и стали ему служить. В местах,  оставшихся по ту сторону Яика,  русское господство поддерживалось немногочисленными русскими колониями, которое обусловливалось культурным превосходством и огнестрельным оружием над полудикими, разрозненными туземцами.

Их мятежи быстро усмирялись  с помощью огнестрельного оружия.  После поселения калмыцких орд в Сибирь, положение изменилось, и дало сильный толчок к более опасным  движениям инородцев. Сибирским воеводам приходилось напрягать силы, чтобы оборонить уезды Тарский,  Тюменский, Красноярский, Кузнецкий от нападения калмыков, саянских татар, киргиз,  телеутов и пр.   Но, этот первый калмыцкий напор удалось отразить.

Кочевья монгольского владетеля Алтын-хана находились среди южных отрогов Саян между озером Упса и истоками Енисея, который при Михаиле признал себя подручником русского царя и был удостоен дорогих подарков от него. Но, в 1652 году Алтын-хан  ворвался в Красноярский уезд, и заставил тувинцев и киргиз ясак платить ему, а не русскому царю. Но, после того, как он пустил слух о приходе ратников из других городов  к нему на помощь, ему пришлось удалиться. Однако через пять лет сын и преемник Алтын-хана снова заставил татар и киргиз снова признать себя данниками в Томском уезде.