Коневодство у якутов начало развиваться с давних пор, и еще в дореволюционное время вызвало большую дискуссию среди якутоведов. Во время последней, продолжающейся сегодня,  определились три разные гипотезы, каждая из которых по-своему объясняет происхождение якутского коневодства и якутской лошади.Первая гипотеза, которая называется «южной», все прошлое якутской лошади  связывает с историей образования, как народа, лишь одних якутов. Согласно этой гипотезе сегодняшнее коневодство Якутии обязано своим появлением скотоводческим предкам якутов, которые с юга переселились в среднее течение Лены и  с собой привели коневодческие занятия степняков. Эти древние скотоводы должны были из Забайкалья двинуться на  Ленский север, то есть откуда они вышли,  и началась родословная  якутской лошади.

Если ранее данная гипотеза основывалась, в основном, на выводах чисто умозрительных, то потом в ее аргументации возникло много материального, резонного.  А.П. Окладников обогатил и уточнил гипотезу. Он перенес из Забайкалья в верховье Лены и Прибайкалье, на поселения юч-курыканов  прежнее представление о прародине скотоводческих предков якутов.    В той области согласно материалам его многочисленных археологических раскопок представлены вещественные доказательства об исконном разведении лошадей ее жителями: остатки инвентаря по коневодству у якутов и кости лошадей.

Вторая гипотеза о происхождении якутской лошади противоречит первой гипотезе. Согласно этой гипотезе прародиной якутской лошади является север, а не юг. Она также появилась в дореволюционное время на основании попыток объяснить палеонтологические находки того времени.  Во многих районах Якутии во второй половине XIX века было найдено  большое количество останков дикой лошади послетретичного времени. Ее кости, довольно часто вместе с костями носорога, мамонта и других животных были обнаружены на Таймыре, в Новосибирских островах Северного Ледовитого океана, на реке Яна, Алдан.

Из таких находок стало известно, что древняя лошадь якутского Заполярья отличалась характерной белой мастью, которая часто встречается среди современных якутских лошадей из Средне-Колымского и Верхоянского районов. Также и М.Ф. Габышев – сторонник третьей гипотезы признавал, что якутская лошадь,  как самостоятельный тип, своим происхождением обязана послетретичной лошади, которая обитала на северо-востоке Сибири.

Он считал, что нельзя отрицать непосредственную связь изучаемой лошади с монгольской породой или другими современными породами, близкими к ней. Только исключается версия о южном происхождении якутской лошади, но только доказано южное происхождение самих якутов, переселившихся на Лену в сравнительно позднюю историческую эпоху, и скорее всего, они воспользовались здесь древним коневодством  аборигенных племен. Понятно то, что якуты, как коневоды, лошадей приводили из тех мест, в которых первоначально жили (Прибайкалье), и  этих лошадей могли использовать для разведения.