Христианство, начиная с V века, уже не имело организационной структуры,  и не было единым учением.  В то время сирийская церковь отделилась от константинопольского патриархата, и сама раскололась на западную и восточную, которая склонилась к диофизитству. Это учение разграничивало две природы Христа, и допускала возможность только внешнего их соединения. Данное направление было названо несторианством по имени одного из апостолов диофизитства константинопольского патриархата Нестория.

В Эфесе на III Вселенском соборе это учение было осуждено как ересь. Западная сирийская церковь  избрала другую вероисповедную формулу – монофизитство, то есть учение об единой божественной природе Христа. Иногда сторонников монофизитского направления называли яковитами по имени одного из деятелей этой церкви – Якова Цанцала.

В 451 году обе сирийские церкви окончательно разорвали с православием. В это время на IV Вселенском соборе в Халкедоне был принят догмат о нераздельности и неслиянности божественной и человеческой природы Христа. Сирийские несториане свои религиозные центры переместили в Иран, и на своем соборе персидские христиане приняли несторианское вероисповедание.  Несторианская церковь Ирана свое  учение очень активно распространяла  на востоке. В Средней Азии, Индии, Китае и Восточном Туркестане появились на несторианские миссионеры.

Становление христианства в культуре тюрков оказалось тесно связанным с появлением торговых колоний, формированием поликультурных и полиэтнических городских центров на путях, которые связывали две великие суперцивилизации – дальневосточную и переднеазиатскую.

В то время Центральная Азия оказалась в центре воздействия трех великих мировых религий,  среди которых христианство не могло не занять своего места.  В 549 году Средняя Азия входила в государство эфталитов, и его христиане попросили патриарха Маар Аббу – главу несторианской церкви, назначить им епископа. В 578 году впервые  в Западном Китае, а в 635 году – в столице империи Чаньянь, называемой персами и сирийцами Кумданом, появились сообщения о прибытии христианской миссии. В 781 году в этой столице была установлена стела с надписью на китайском языке. На ней  Язедбузид  коротко описал историю несторианской церкви в Китае, и  указал ее основателя епископа Алобэня из Дацины или Византийской Сирии.  В эти годы наблюдался расцвет миссионерской деятельности сирийской церкви, которые пришлись на период патриаршества Иешуяба. Этому патриарху приписывается  создание первых метрополий в Герате, Индии, Самарканде и Китае, но до митрополий должны быть созданы епископства.

Для исследователей ХХ века многочисленные тексты, найденные при археологических раскопках в Турфанском оазисе, стали в Центральной Азии  важнейшими памятниками христианской культуры.  В первую очередь надо отметить находки сирийских молитвенных текстов.